Zacznę może od odpowiedzi na twoje pytania:
- czy usunąć żwir ze żwirowni który jest jako pierwsza warstwa podłoża
Nie za to zdecydowanie usuń marmur. Jaki to jest żwir ?? Czy aby nie zmienia w jakiś sposób parametrów wody

- czym leczyć ryby, które ocierają się o przedmioty czy rośliny a także posiadają rozchylone skrzela i rozdzielone płetwy albo gnijące (skalar)?
Przede wszystkim znaleźć przyczynę i zdiagnozować rodzaj choroby. Potem można myśleć o leczeniu
- Czy lampa UV może chodzić okrągło 24h i czy dzięki jej pomocy uporam się z problemem chorób?
Lampa UV nie powinna chodzić cały czas. Nie gwarantuje ona rozwiązania problemu choroby. Niekorzystnie wpływa na "dobrą" florę bakteryjną w akwa
- Czy podczas karmienia ryb suchym pokarmem uprzednio myjecie ręce?
Jakoś się nad tym nie zastanawiam. Ogólnie staram się mieć czyste ręce przed pracami w akwarium
- Czy mrożone ochotki są „bezpieczne” tzn. bez bakterii?
Z dobrej firmy powinny być bezpieczne. Bardziej martwiłbym się o inne pasożyty.
- Czy podczas przeprowadzania czynności oczyszczających takich jak czyszczenie szyb z glonów trzeba dokładnie umyć rączki i czy tylko mydło do tego celu wystarczy?
Tak. Mydło i ciepła woda wystarczy
- Czy to prawda za po prostu trafiłem na okres chorobowy (sprzedawca w zoologicznym tak stwierdził)?
Hmmm są trzy rodzaje prawdy: prawda, tyż prowda i g... prowda ... Zgadnij

- Co to znaczy kąpiel długotrwała ? Mam co dzień dolewać taką samą ilość preparatu?
W skrócie myślowym - tak. Chodzi o dłuższe przetrzymanie ryb w zbiorniku z lekiem
- Skąd mam wiedzie że już po chorobie i zaprzestać leczenia?
Po zaniku objawów chorobowych.
A teraz do rzeczy:
Zaczałeś fatalnie. Niedojrzałe akwarium - pierwsza przyczyna problemów. Miałeś bardzo niewydajny filtr stąd zmętnienie. Teraz masz zewnętrzny - to lepiej ... ale zapewne odłaczyłeś stary, podpiąłeś nowy - błąd (znowu rozchwiałeś równowagę w akwarium). Pytanie czy filtr który zrobiłeś będzie dobrze pełnił swoje funkcje.
Leczenie ryb w akwarium również przysporzyło ci problemów - wybiłeś przy okazji to co pożyteczne. Rozumiem - nie każdy ma warunki na dodatkowe akwarium kwarantannowe. Temperatura - 24 jest za niska, zwłaszcza podczas leczenia.
Konieczna jest znajomość parametrów wody.
Na twoim miejscu zrobiłbym tak:
Restart akwarium i zmiana podłoża (żwir ok, ale teraz po leczeniu i chorobach nie wiadomo co w nim siedzi). Sprawdzić najpierw czy żwir nie będzie zmieniał parametrów wody. Po restarcie odczekanie na dojrzewanie akwarium. Jeśli już masz ryby - gorzej nie będzie. Odlej polowe wody z akwarium i później uzupełnij świeża. Rób częstsze podmianki (20-30%) co 2-3 dni. Podnieś temp do 28 stopni
I ... czekaj a w międzyczasie czytaj, czytaj i ucz się aby ponownie nie popełnić tych samych błedów
I koniecznie zaopatrz się w testy (pH, kH/gH, NO3, dobrze również mieć na początek NO2)
P.S.
Sprawę obsady na razie pominę - do najlepszych nie należy