Substancje chemiczne powstające na skutek niewłaściwie prowadzonego akwarium, awarii filtra, czy innych czynników prowadzących do utraty równowagi biologicznej: amoniak (NH3), azotyny (NO2), siarkowodór (H2S), itp. Powstają w wyniku rozkładu nadmiernej ilości resztek organicznych. Najbardziej niepożądane jest istnienie beztlenowych warunków rozkładu, np. w zapchanych lub zatrzymanych filtrach, pod zamulonym podłożem, lub przy ogólnym bardzo słabym natlenieniu wody. Wtedy wydzielają się najbardziej toksyczne związki, niebezpieczne dla życia ryb. Skrajnym przypadkiem jest, gdy czuć unoszący się z akwarium bardzo niemiły zapach - najczęściej siarkowodór. Należy wówczas natychmiast usunąć wszystkie resztki organiczne ze zbiornika i wymienić co najmniej połowę wody, a ryby przenieść na ten czas do innego akwarium. Gdy takiego nie mamy można posłużyć się dużym słojem, do którego nalewamy 1/2 wody z akwarium, resztę świeżej odstanej i stale ją napowietrzamy. Zanieczyszczone akwarium silnie napowietrzamy, filtrujemy wodę i gdy zapach oraz zmącenie minie, można po pewnym czasie wpuścić ryby z powrotem. Może się też zdarzyć, że będzie konieczność całkowitej wymiany wody. Aby ustrzec się przed powtórką zmniejszamy obsadę ryb, stosujemy umiarkowane karmienie, poprawiamy jakość napowietrzania i filtracji, oraz dodajemy trochę roślin. Systematycznie pamiętamy o podmianie części wody (patrz pielęgnacja).
Substancje toksyczne pochodzące z zewnątrz. Bardzo szkodliwe są metale ciężkie, takie jak miedź, ołów, cynk, nikiel, kadm, rtęć, większe ilości żelaza. Dlatego należy unikać styczności metalowych przedmiotów z wodą, nawet aluminium nie jest wskazane. Trujące mogą być też niektóre gumy, tworzywa sztuczne zawierające fenol, farby, chlor, detergenty, dym nikotynowy, świeży cement, nie wymoczone korzenie, itp. Najczęściej wszystkie z tych związków można wyeliminować, oprócz chloru jeśli pobieramy wodę z wodociągu. Dlatego przed użyciem jej w akwarium należy umieścić ją w płaskim naczyniu przez ok. 2 doby. Chlor jest szczególnie szkodliwy dla narybku i młodych ryb. Można szybko usunąć chlor z wody przez podgrzanie jej do 90oC na ok. 40 minut. Przez zagotowanie wody można też wytrącić sole żelaza, magnezu i wapnia do nierozpuszczalnego osadu.
Objawami zatrucia mogą być: kołyszące ruchy i sklejanie płetw (siarkowodór), utrata ubarwienia (azotyny), nieprawidłowe położenie ciała, nerwowość, gwałtowne ruchy, uszkodzenie skrzeli (różne metale). Niektóre związki działają bardziej, gdy występują razem z innymi, lub w wodzie o określonym pH.
Podsumowując - należy utrzymywać w akwarium równowagę biologiczną oraz unikać kontaktu z wszelkimi metalami a nawet tworzywami sztucznymi nie przeznaczonymi do akwarium (takie w których można przechowywać żywność będą dobre).